1.办公室
负责统筹和综合协调全馆性工作。承担图书馆理事会日常工作。
负责统筹推进全馆党建、纪检、志愿者管理、统战、工青妇、离退休干部服务等工作。
负责人才队伍建设及组织实施等工作。负责全馆组织人事、文书、业务档案的收集、整理、保存。
负责全馆安全保卫和行政后勤保障、物业管理、工程建设及维保管理等工作。
2.财务科
负责全馆预决算和相关财政资金管理、政府采购及购买服务、国有资产管理、内部审计等工作。
3.借阅流通部
负责馆内文献借阅及阅读推广服务等工作。
4.阅读推广部
负责全馆大型阅读推广活动的策划、组织与实施等工作。
5.采访编目部
负责全馆文献信息资源建设与保障等工作。承担采编部的日常管理与服务工作。
6.研究辅导部
负责全区图书分馆业务的指导、协调及专业人员业务培训等工作。承担全馆图书馆学会会员日常管理工作。
负责信息咨询、科技查新、参考服务、科研管理、学术研究等工作。
7.地方文献部
负责地方文献的搜集、整理、保护、流通、利用、开发、研究及书库管理等工作。
8.古籍部(古文献保护中心)
负责馆藏古籍的搜集、整理、保护、流通、利用、开发、研究等工作。承担重庆市古籍保护分中心日常工作。
9.网络技术部
负责全馆信息技术支撑与保障等工作。
10.流通服务部
负责馆外各类流通服务网点的资源的收藏、保护、调配及借阅管理等工作。
负责相关社会教育运营管理等工作。